Suspensión, transmisión y frenos han experimentado importantes cambios. El E 55 AMG lleva de serie la eficaz suspensión Airmatic DC (disponible en todos los Clase E), aunque se ha variado la gestión electrónica y lleva diferentes reglajes de amortiguadores y muelles neumáticos, y barras estabilizadoras, específicamente adaptados a las características de esta berlina deportiva.

Al igual que el SL 55 AMG, el E 55 AMG tiene un cambio automático «AMG Speedshift» de cinco velocidades con mandos secuenciales (en la palanca de cambios y en el volante). Dicho cambio tiene una gestión electrónica específica y engrana las marchas un 35 por ciento más rápido que en el resto de los Clase E. También puede haber bloqueo del convertidor de par en 1ª velocidad, de forma que se limitan las pérdidas de potencia por resbalamiento.

Tiene tracción trasera y el eje de transmisión se ha reforzado para soportar el elevado par que debe transmitir (en primera, hasta 2.500 Nm). Además, AMG ha adoptado un sistema de refrigeración para el diferencial trasero. Como el resto de los Clase E, tiene de serie un control electrónico de tracción y estabilidad.

Los frenos del E 55 AMG han experimentado una importante mejora respecto al anterior modelo y lleva el mismo equipo de frenos que el SL 55 AMG: discos ventilados y perforados de 360 mm de diámetro delante y 330 mm detrás (en el anterior E 55 eran de 334 y 300 mm respectivamente).

Las pinzas son monobloque de aluminio en las cuatro ruedas y tienen ocho pistones delante y cuatro pistones detrás. Las pinzas delanteras del E 55 son tan grandes que en Mercedes-Benz afirman que duplican la superficie de frenada respecto al E 500 (con pinzas de cuatro pistones). Como el resto de los Clase E y los Mercedes-Benz SL, el nuevo E 55 AMG tiene el sistema de frenada SBC (Sensotronic Brake Control) y en la marca afirman que es capaz de alcanzar deceleraciones de 10,8 m/s² (1,1 g).

Las llantas de aleación ligera tienen distinto diseño pero conservan la misma medida que anteriormente (8 x 18" delante y 9 x 18" detrás). Los neumáticos del nuevo E 55 AMG son algo más anchos delante (245/40 ZR 18 y antes 235/40 ZR 18) e iguales detrás (265/35 ZR 18).