El interior del Amarok no tiene materiales de recubrimiento vistosos —los plásticos son duros, no abundan los cromados ni tiene elementos decorativos de aluminio ni de plástico pintados de colores—. Tampoco tiene detalles que se encuentran en turismos que cuestan menos (el fondo de todos los huecos, salvo los de las puertas delanteras, carecen de una pieza de goma o un tapizado para evitar que lo que se deje en ellos se desplace o vibre, haciendo ruido o rayándose). Pero todas las piezas están bien ajustadas y no suenan mal circular por terrenos rotos. La sensación de solidez es grande.

Algunos elementos del habitáculo como el cuadro de instrumentos (imagen), el equipo de sonido, el climatizador (imagen) o el volante son parecidos a los que llevan otros modelos de Volkswagen.

El puesto de conducción es bueno porque volante y asiento se ajustan para personas diversas estaturas y porque todos los mandos de manejo del vehículo quedan a mano. El asiento del conductor puede ir situado bajo con relación al suelo, posición en la que deja una distancia hasta el techo suficiente para alguien de unos dos metros de estatura. Los conductores de estatura normal deben ir sentados más bien altos para poder ver donde termina el capó.

Los asientos de las versiones «Highline» y «Canyon» dan buena sujeción lateral (imagen), mejor incluso que los de algunos turismos. Los  de las versiones menos costosas (imagen) también son cómodos y tienen una sujeción lateral menor pero que parece suficiente para este tipo de vehículo.

En la segunda fila hay espacio suficiente para tres adultos, aunque los asientos delanteros vayan retrasados. La anchura y la distancia al techo son grande. En las dos plazas laterales hay fijaciones Isofix para dos asientos infantiles pero en la central no.

El acceso al interior es bueno porque las puertas tienen un ángulo de apertura grande y dejan un hueco más que suficiente para entrar con comodidad. Hay unos asideros en los pilares delantero y central (imagen) para ayudarse a entrar. Los estribos opcionales (los hay de distintos tipos) pueden ser una compra recomendable para algunas personas.

Repartidos por todo el interior, hay muchos lugares para dejar o guardar objetos: bolsas en las puertas con capacidad para botellas de 1,5 l delante y 1,0 l detrás (imagen), guantera refrigerada, dos compartimentos abiertos en la consola, cajones bajo los asientos delanteros (imagen), reposabrazos delantero con un amplio compartimento, varios posavasos y tomas de corriente. Además, bajo las salidas de ventilación de la consola central (imagen) se puede fijar un receptáculo que puede usarse para dejar una lata de bebida (y mantenerla fría o caliente, en función de la temperatura seleccionada en el climatizador), el cenicero portátil u otros elementos.

En ninguno de los huecos se puede llevar (sin que moleste o se mueva) un cuaderno con hojas DIN A4. Tampoco hay tomas de corriente USB a las que conectar el móvil y otros dispositivos. Sí hay dos tomas de 12 V, una en la bandeja que hay en la parte superior del salpicadero y otra en la consola.

La banqueta de los asientos posteriores se puede levantar y apoyar sobre los respaldos (imagen), de tal forma que es posible introducir objetos altos y estrechos. No es una banqueta corrida, sino que está dividida en una proporción de un tercio y dos tercios. También es posible plegar el respaldo sobre la banqueta (imagen).

La plataforma de carga exterior tiene una superficie de 2,52 m²: 1,55 m de largo por 1,62 m de ancho máximo (1,22 m de ancho donde están los pasos de rueda). Las paredes de la caja miden 51 cm de altura. El portón se abre en un ángulo de 90º para que la superficie de carga sea plana (imagen; hay versiones en las que se puede abrir 180 grados) y puede soportar un peso de 200 kg. El borde de carga queda a 78 cm del suelo. Se puede disponer de cuatro anillas de sujeción en las esquinas de la plataforma de carga para sujetar los objetos que se transporten en ella. También puede haber una toma de corriente de 12 V.

El Amarok que hemos probado llevaba instalada una tapa de aluminio para esta zona de carga (es un accesorio original de Volkswagen); también existe una persiana como opción. Esta tapa pivota sobre la parte más próxima a la cabina y tiene una cerradura que va con una llave distinta a la del coche. Si se quiere introducir objetos voluminosos hay que abrir primero la tapa y luego la portezuela, que también requiere hacer uso de una llave (la del coche), ya que no está conectada con el sistema de cierre centralizado.

Dentro de la caja no hay ninguna luz. Sí hay una fuera (forma parte de la tercera luz de freno; imagen) pero resulta inútil en el caso de tener instalada la tapa de la caja, dado que ésta tapa la luz.

En función de si se elige la suspensión «Confort» o la reforzada «Heavy-Duty» (más información sobre los dos tipos de suspensión), la capacidad de carga varía. Las versiones con la primera, pueden transportar hasta 948 kg de carga (sumando el peso de los ocupantes y de la carga de la plataforma). Con la suspensión reforzada, la capacidad de carga aumenta hasta 1147 kg. Ambas versiones pueden remolcar hasta 2.800 kg (750 kg si el remolque no dispone de sistema de frenado).