El A6 tendrá tres motores Diesel. El menos potente es el cuatro cilindros de 1,9 litros de cilindrada y 131 CV (96 kW) que llevan el A3 y el A4. Es un motor con alimentación por bomba inyector, que normalmente da más potencia máxima de esos 131 CV, tiene fuerza a cualquier régimen y gasta muy poco; puede ser suficiente para el A6. Es ruidoso y vibra , algo evidente en un A3 pero puede que no tanto en un A6.

El otro motor Diesel nuevo es un seis cilindros de 2,5 litros de cilindrada, en versión de 155 CV. Con relación al anterior motor de 150 CV, éste tiene cambios en la bomba y en el control electrónico. Es uno de los pocos motores modernos cuyo sistema de alimentación es una bomba rotativa, en lugar de conducto común o bomba inyector.

El otro motor Diesel de la gama permanece igual, es el V6 en versión de 179 CV. No es el mejor motor de su clase (lo es probablemente el 3 litros de BMW), pero sí un buen motor.

Por primera vez Audi monta el cambio automático de variador Multitronic en un Diesel, el V6 de 155 CV. Eso quiere decir que esta caja de cambios soporta más de los 300 Nm que da el 3 litros de gasolina.