El salpicadero y la zona delantera es idéntica en las tras carrocerías del Mazda6 (más información del interior en la información de la berlina de 4 puertas).

Como en el resto de versiones, las unidades del Mazda6 Wagon con motor de gasolina y equipamiento Luxury (sólo disponible con el motor de 170 CV) llevan apertura de puertas y arranque sin llave. Sin embargo, las unidades con motor Diesel y el mismo nivel de equipamiento no pueden llevarlo. Según el Consejero Delegado de Mazda en España, Ignacio Beamud, es posible que este sistema esté disponible para los motores Diesel hacia finales de 2008 o principios de 2009.

Una peculiaridad del Mazda6 Wagon es que, cuando se abre el portón posterior (ver video. 8 seg.), una cortinilla que va unida al portón y a la bandeja superior del maletero cubre la zona de acceso al habitáculo, y por lo tanto queda protegido de la entrada de aire, o de insectos. Salvo el freno a esa entrada de aire, la cortinilla no resulta demasiado práctica. Impide el acceso directo a la bandeja posterior desde la calle, por lo que no pueden depositarse chaquetas u otros elementos livianos. También dificulta la operación para quitar la bandeja que cubre el equipaje, cuando se quiere aprovechar la altura disponible de la carrocería. En la versión con carrocería de cinco puertas no hay ningún sistema parecido que dificulte la entrada de aire al habitáculo cuando se abre el portón.

Los asientos posteriores tienen un sistema de plegado muy sencillo. Es un sistema muy parecido al del Renault Laguna Grand Tour. Con solo apretar un botón, la banqueta se desplaza hacia adelante y el respaldo se pliega sobre la banqueta de forma automática, impulsado por un muelle.

Se puede plegar el respaldo desde las puertas laterales posteriores, con un botón situado en la parte superior del respaldo, o desde dos tiradores situados en la parte posterior, a los que se accede con facilidad con el portón abierto. (ver video. 13 seg.) Este sistema de plegado, sencillísimo, es el más práctico de los que se encuentran en el mercado.

La superficie de carga que resulta de plegar el respaldo de los asientos es completamente plana.

La altura de carga posterior del Wagon es de 55 centímetros desde el suelo, una distancia suficientemente pequeña para que sea cómodo introducir en el maletero objetos pesados. La altura en la versión de cinco puertas, con portón posterior, es de 71 centímetros.

Existen dos posiciones diferentes para anclar la red que protege a los pasajeros del impacto de bultos en caso de frenazo brusco o accidente. Una es por detrás de los asientos delanteros y la otra por detrás de los posteriores.

En el maletero hay argollas para sujetar una red al piso y también un par de ganchos para sujetar perchas. Hay además una toma de corriente. El espacio de carga del maletero es de forma regular.